Сохранять кодировки несколько неудобно, но можно. Для этого нужно создать новую группу, перетащить в неё мышкой все строки с командами чтения кодингов, затем выделить в этом окне все сроки, удерживая нажатым shift, нажать кнопку "выполнить", после чего нажать кнопку "сохранить в файл".